Kontrola skarbowa w firmie – kompletna checklista i wskazówki

Kontrola skarbowa, podatkowa lub celno-skarbowa to proces, którego nie warto odkładać „na ostatnią chwilę”. Dobra organizacja dokumentów, wyznaczenie osoby kontaktowej i wdrożenie narzędzi takich jak data room czy system ERP (np. enova365) znacząco ograniczają stres i ryzyko błędów. W tym poradniku znajdziesz kompletną checklistę, opis etapów oraz praktyczne wskazówki, jak przejść kontrolę w firmie bez nerwów.

Kontrola podatkowa a kontrola celno-skarbowa – czym się różnią?

Warto rozróżnić te dwa tryby, ponieważ różnią się procedurami, czasem trwania i terminami. Kontrola podatkowa prowadzona przez urząd skarbowy jest zwykle zapowiadana – zawiadomienie otrzymasz na 7–30 dni przed rozpoczęciem działań. Kontrola celno-skarbowa (KAS) może rozpocząć się nawet na podstawie samej legitymacji służbowej w uzasadnionych przypadkach, a upoważnienie dostarczane jest później. Standardowy czas trwania to do 3 miesięcy, z możliwością przedłużenia.

Etapy kontroli skarbowej – harmonogram działań

Każda kontrola skarbowa przebiega według określonych etapów. Znajomość harmonogramu pozwala uniknąć chaotycznych reakcji i lepiej przygotować zespół.

1. Zawiadomienie / wszczęcie – odbierz pismo, potwierdź zakres kontroli i poinformuj zespół.
2. Przygotowanie materiałów – skompletuj dokumenty według checklisty.
3. Czynności kontrolne – przekazuj dane, odpowiadaj na pytania, zachowuj porządek komunikacji.
4. Protokół i zastrzeżenia – masz 14 dni na zgłoszenie uwag wraz z dowodami.

Checklista dokumentów do kontroli skarbowej

Odpowiednie przygotowanie dokumentów to podstawa. Warto przechowywać je w uporządkowanej formie, np. w bezpiecznym data room.

Księgowość i podatki:

• Faktury sprzedaży i zakupu
• Ewidencje VAT, rejestry, polityka rachunkowości
• Dowody księgowe, sprawozdania finansowe, deklaracje PIT/CIT
• Pliki JPK na żądanie (zgodnie z wymaganiami MF)
• Potwierdzenia płatności

Kadry i płace:

• Umowy o pracę i cywilnoprawne
• Listy płac, raporty ZUS, PPK
• Ewidencja czasu pracy

Procedury i pełnomocnictwa:

• Pełnomocnictwa do reprezentacji, UPL-1
• Instrukcje obiegu dokumentów, ścieżki akceptacji

Techniczne:

• Dostęp do ERP (np. enova365)
• Data room z wersjonowaniem i kontrolą dostępu
• Rejestr udostępnionych plików

Organizacja procesu – jak uniknąć stresu i błędów

Skuteczna kontrola skarbowa wymaga nie tylko dokumentów, ale i sprawnej logistyki.

• Wyznacz jedną osobę kontaktową (koordynator procesu)
• Stwórz bezpieczny data room z jasną strukturą folderów
• Przeprowadź audyt wstępny, aby wychwycić błędy
• Ustal zasady komunikacji (potwierdzenia e-mail, rejestry pism)
• Zadbaj o dostępność zespołu w kluczowych momentach

Prawa i obowiązki podatnika w trakcie kontroli

Jako przedsiębiorca masz określone prawa i obowiązki. Warto je znać, aby uniknąć nadużyć i błędów proceduralnych.

• Weryfikuj legitymacje i upoważnienia kontrolujących
• Zapewnij JPK na żądanie w odpowiednich strukturach
• Wnieś zastrzeżenia do protokołu w ciągu 14 dni, dołączając dowody

Najczęstsze błędy w trakcie kontroli i jak ich uniknąć

• Brak osoby odpowiedzialnej za kontakt → wyznacz koordynatora
• Chaotyczne przekazywanie dokumentów → korzystaj z data room
• Reakcje „na już” → stwórz harmonogram z terminami
• Brak wersji roboczych odpowiedzi → stosuj szablony i podwójną weryfikację
• Odkładanie korekt na później → w KAS może być to ograniczone

FAQ – szybkie odpowiedzi na kluczowe pytania

Czy urząd zawsze zawiadamia z wyprzedzeniem?
Tak, w kontroli podatkowej zazwyczaj tak (7–30 dni). W KAS możliwe wszczęcie „na legitymację”.

Jak długo trwa kontrola celno-skarbowa?
Standardowo do 3 miesięcy, z możliwością przedłużenia.

Czy muszę mieć JPK „od ręki”?
Tak, warto wcześniej przetestować eksport z systemu ERP i spójność danych.

Przygotowanie do kontroli skarbowej – jak może pomóc Neofin

Przygotowanie do kontroli skarbowej to nie tylko komplet dokumentów, ale i dobrze zaplanowany proces. Biuro rachunkowe Neofin zapewnia audyt księgowy, organizację data room, weryfikację spójności danych w systemie ERP.

📞 Dołącz do Neofin i przejdź kontrolę bez stresu!.